Mit 11 Jahren wurde 1475 der zweitgeborene Sohn Kurfürst Ernst von Sachsen aus dem Haus Wettin vom Magdeburger Domkapitel gewählt. Ernsts Mutter Elisabeth von Bayern stammte gleichsam wie der vormalige Erzbischof aus dem Hause Wittelsbach. Finanzielle Vorteile und Ausstattung des Amtes waren bei der Wahl des Wettiners sicher ebenso ausschlaggebend. Neue erschlossene Silbererzvorkommen im Erzgebirge sicherten den Wettinern finanziellen und politischen Einfluss. Ein päpstlicher Dispens musste aufgrund des jungen Alters (unter 30) und der fehlen Priesterweihe in Rom erst erwirkt werden. 1476 wurde Ernsts Wahl durch Sixtus IV. bestätigt – das Pallium erhielt Ernst mit 25 Jahren. Dementsprechend erfolgte die Bischofsweihe 1489 lange nach seiner offiziellen Proklamierung und dem ungewöhnlich prunkvollem Einzug in Magdeburg. Dabei hatten ihm alle Stände und Offiziellen der Stadt den Treueeid zu schwören und zu huldigen. Ernst wurde zuvor vermutlich gemeinsam mit seinen Brüdern bei Hofe unterrichtet. Weiterhin ist speziell für ihn eine spätere Unterrichtung in Latein und Jurisprudenz nachweisbar – er stand in Kontakt zu gebildeten Humanisten.

Im Jahr 1479 stand das hochverschuldete Bistum Halberstadt (Suffragan des Erzbistums Mainz) wie zum Kauf bereit. Auch hier erwarb das Haus Sachsen über Ernst gegen einen Schuldenerlass die Würde und damit an Einfluss. Der Vorwurf der Ämterhäufung konnte Ernst Vater persönlich in Rom durch weiteren päpstlichen Dispens entkräften.

Die Ausweisung aller Juden – trotz üblicher Schutzgeldzahlungen – aus dem gesamten Erzstift Magdeburgs ist 1493 urkundlich belegt. Juden lebten bis zum Spätmittelalter in Stadtarealen isoliert von der christlichen Bevölkerungsmehrheit. Sie waren dem jeweiligen Landesherren direkt als Schutzbefohlene unterstellt und entrichteten entsprechende Zahlungen.  Sie geht wohl anlässlich auf gewaltsame Konflikte in Magdeburg zurück. Jedoch sind finanzielle Gründe (Wegfall der Exklusivität im Geldhandel, finanzielle Unabhängigkeit Ernsts) als Ursache wahrscheinlicher.

Die Verlegung der erzbischöflichen Residenz ist ab Bezug des Schlosses Moritzburg 1509 wirksam und zählt zu einem markanten Punkt in der Geschichte des magdeburger Erzstifts, der bis zu dessen Säkularisation und Auflösung 1680 (Ebf. August von Sachsen-Weißenfels) für 150 Jahre wirksam ist. Der Tod des Ernsts 1513 vereitelte tiefgreifendere Umstrukturierungen im magdeburger Kirchensystem, die sein Nachfolger Albrecht mit der Gründung eines Stifts umsetzten konnte. Seine Gebeine wurden nach Überführung aus Halle in einer aufwendigen Bronzetumba des Nürnberger Rotschmieds und Bildhauers Peter Vischer von 1495 im Westchor des Madeburger Doms beigesetzt. Die aufwendige farbenreiche Gestaltung der Kapelle (Ernstkapelle) im Magdeburger Dom lässt Rückschlüsse über die verlorene Fassung der Moritzburger Magdalenenkapelle in Halle zu.

Verlegung der erzbischöflichen Residenz

Trotz Ernsts friedlicher Beziehung zum Magdeburger Domkapitel, war der Einfluss auf dieses und den Rat der Stadt deutlich beschränkt. In Halle hingegen bot sich mit der Besatzung im innerstädtischen Konflikt ein politisches und finanziell ertragreiches Wirkungsfeld. Mit kursächsischer Unterstützung seines Bruders Friedrich III., „des Weisen“ verlegte der  20jährige Erzbischof 1484 seine Residenz in die Saalestadt Halle. Im innerstädtischen Konflikt um politischen Einfluss zwischen den Zünften, hier der hall. Salzarbeiterschaft (Pfänner), und dem Rat vermittelte Ernst mit eigenen Machtinteressen. Er ließ sich zugestehen ein „sloß ader vestunge“ in der Stadt errichten zu können. Die Manifestation ist ein ca. 100.000 Gulden teurer Schlossneubau im Nordwesten der Stadt – nach heutigen Maßstäben wahrscheinlich ein zweistelliger Millionenbetrag, die das Haus Wettin beglich. Außerdem wurde die Münze der Erzbischöfe auf die neue Burg verlegt. Die erwähnte Nähe zum Meißener Stammsitz war wirksam um den jungen Erzbischof  und das Erzstift kontrolliere und nach Wünschen regieren zu können.

Ab 1509 mit der Weihe der Kapelle St. Maria Magdalena residierte Ernst dauerhaft in seinem Schloss. Die von Ernst beabsichtigte Gründung eines reich ausgestatteten Kollegiatstifts bot dem Magdeburger Domkapitel jedoch Anlass zu heftigem Widerstand. Die folge wäre eine unerhörte Machtfülle in Halle; neben der Residenzverlegung stünde die bedeutendste Kirche des Erzstifts in der Saalestadt. Bevor Ernst nach der Weihe dies umsetzten konnte verstarb er auf seinem Schloss. Sein Herz wurde in der Magdalenen-Kapelle an unbekannter Stelle beigesetzt. Seine Grabstätte fand er als Erzbischof in seiner Hauskirche im Westchor des Magdeburger Doms in einer aufwendigen Bronzetumba des Nürnberger Rotschmieds Peter Vischer.

Errichtung des Residenzschlosses Moritzburg

Als Wohn- und Residenzbau zeigt das repräsentativ und komfortabel ausgebaute Schloss gleichsam eine Kapelle und einen umschlossenen, trapezförmigen Innenhof. Der Außenbau der östlichen Wehrgänge enthüllt Schießscharten für Handfeuerwaffen. Jeder Ecke ist ein massiver Rundturm angestellt, der das Arsenal und Munition aufnahm und zur Rundumsicherung diente. Als Wohn- und Verwaltungsbau beherbergt die Anlage gleichzeitig Münze, Garnision, Kanzlei, Wirtschaftsgebäude etc. Die Moritzburg vereinte verschiedene Bauaufgaben, die der angespannten Situation im Konflikt des Erzbischofs mit den Autonomiebestrebungen der städtischen Oberschicht, der hallischen Pfänner, geschuldet war. Sie ist gleichsam Sinnbild hallescher Stadtgeschichte. Als Residenz der Erzbischöfe von Magdeburg diente sie bis zur Säkularisierung des Erzstifts für 50 Jahre als Hauptsitz territorialer Landesregierung und -verwaltung.

Zu Beginn ließ Ernst die Baugründe an verschiedenen Stellen Halles bzw. dessen Randlagen prüfen; so auf dem Petersberg (Oper) bzw. dem Martinsberg (Stadtgottesacker). Zuletzt entschied man sich für die strategische Lage im Nordwesten der Stadt. Der westliche Saalenebenarm sicherte eine Seite der Anlage, eine weitere wies mit dem Hauptzugang außerhalb der Stadtmauern direkt in erzbischöfliches Territorium in Richtung Neumarkt und Giebichenstein, des Altsitzes der Erzbischöfe in Halle. Für den Zugang zur Burg und Stadt musste kein Stadttor passiert werden.

Hallesche Heiltum unter Ernst

Durch den Erwerb bedeutender Reliquien erwiesen sich bereits im Mittelalter Fürsten und Könige als christliche Herrscher. Für einen erzbischöflichen Landesherren verband dies säkulare und profane Sammelpraxis. Reliquien und wertvolle Reliquiare wurden – entgegen christlicher Religionsvorschriften – ge- und verkauft oder als Gastgeschenke überreicht; zum Teil auch illegal entwendet, was streng sanktioniert wurde. Qualitativ und quantitativ hervorzuheben sind Heiligkreuzreliquien bzw. Partikel der Namenspatronin Maria Magdalena. Aufwendige Fassungen der Partikel in Gefäßen ließ Ernst mitunter neu anfertigen. Hierbei ist der hallesche Goldschmiedemeister und Ratsmitglied Hans Huiuff (1470-1536) namentlich bekannt und nachgewiesen.

Erzbischof Ernsts Reliquiensammlung, das Hallesche Heiltum, folgte konkret der Sammeltradition seiner Familie, speziell seines Bruders Friedrich des Weisen in Wittenberg. Ein erstes Inventar des Heiltums entstand nach Ernst Tod 1513; das gedruckte und bebilderte Hallesche Heiltumbuch um 1520. Der Ursprung dürfte jedoch deutlich eher anzusetzen sein; eine erste urkundliche Erwähnung stammt von 1505. Ernst trug circa 100 Objekte zusammen, was sein Nachfolger Albrecht wesentlich erweiterte.

Vermutungen legen eine ursprüngliche Aufbewahrung in der Burg Giebichenstein nahe; danach in der Schlosskapelle St. Magdalenen; womöglich hinter dem Altar. Eine öffentliche Weisung mit Ablass könnte von dem Balkon in der Nordwand aus stattgefunden haben.

Regierung Ernsts

Die Anfangsjahre des geistlichen Episkopats Ernst in Magdeburg sind geprägt von der Lenkung seiner Familie, der Wettiner. Bereits die prunkvolle Amtseinführung des Jungen wurde von seinem Haus finanziert und gestaltet – die Farben Sachsens beim Umritt waren allgegenwärtig.

Sobald Ernst volljährig die Regierung übernahm stellte er seine geistige Amtstradition jedoch selbstbewußt ausbaute – seine Grabtumba in Magdeburg steht übererdig in einer Linie zu jener Ottos des Großen, dem Stifter des Erzbistums. Ernst sah sich - ebenfalls als Sachse - in der Rolle des Vollenders des Magdeburger Doms und setzte sich somit auch deutlich von wettinischen Traditionen in Sachsen ab.

Die erzbischöfliche Münzstätte wurde mit Errichung der Moritzburg auf diese verlegt. Die Münzordnungen von 1511 belegen Ernsts Fürsorgepflicht für seine Untertanen im frühmodernen Sinn: aus der „volstreckung unsers willens“ ergebe sich die „furderung gemeyns nutzes“ (zit. n. Jörg Rogge).