Der Wohntrakt im Westen zeigt auch heute vier Geschosse – zwei Unter- und zwei Obergeschosse. Die südwestlichen großen Hallen mit Tonnen- sowie Kreuzgewölben dienten als Speise- und Aufenthaltsräume.

Die Obergeschosse waren als Empfangs- und Staatsgemächer mit Kaminen repräsentativ ausgestaltet. Allein durch aufwendigere, neuzeitliche Fensterformen mit Vorhangbogen ist das zweite Obergeschoss als das wichtigere gekennzeichnet. Luxuriöse Ausstattungsgegenstände wie Kamine, Kachelöfen, Wandteppiche, Vertäfelungen und Malereien stammten im Wesentlichen von Kardinal Albrecht, der das Schloss ausbauen ließ. Nördlich des Treppentraktes befanden sich kleinere Räume, die als Kanzlei- und private Arbeitsräume anzusehen sind. Im Nordflügel der Moritzburg dürften die meisten Privatgemächer des Erzbischofs bzw. die seiner wenigen im Schloss wohnhaften Beamten verortet sein. Ebenfalls im Norden zu verorten war die landesfürstliche Verwaltung; von hier aus regierte und verwaltete der Erzbischof das magdeburgische Bistum. Der schmale Flügel im Süden beherbergte Wirtschaftsgebäude und Küche mit einem innenliegenden Brunnen.